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CloudTrailのイベント履歴から"DeleteObject"を探すことはできないと思います。
証跡を作成してそちらのログから確認が必要になると思います。
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AmazonS3/latest/userguide/cloudtrail-logging-s3-info.html#cloudtrail-object-level-tracking
API以外でオブジェクトが削除されるケースがあるか
S3バケットにオブジェクト削除目的のライフサイクルルールが設定されていて、ルールと一致するオブジェクトなどであれば消えます。
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AmazonS3/latest/userguide/object-lifecycle-mgmt.html
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ご回答ありがとうございます。 言葉足らずで申し訳なかったのですが、CloudTrailでの確認については証跡を作成し、ログ上でDeleteObjectが発生しているか検索をかけた結果、発生している形跡は見受けられなかったです。 ライフサイクルルールについて先ほど確認してみたのですが現状オブジェクトが消える事象が発生したバケットに対して割り当てられているライフサイクルールには特にオブジェクト作成目的のものは設定されていなかったです。 他の可能性等もしありましたら教えて頂きたいです。
消えてしまった後だとあまり意味はないのですが再発したときに確認できるようにアクセスログを設定いただくとよいと思います。 https://repost.aws/ja/knowledge-center/s3-audit-deleted-missing-objects
フォルダ内のオブジェクトが消えると一緒にフォルダも消えるみたいなのでそういったことが関連している可能性もあると思います。 https://dev.classmethod.jp/articles/tsnote-s3-delete-empty-name-folder/