S3バケットポリシーとKMSキーポリシーでのPrincipalの効果について

これはアカウント123456789012の全IAMユーザーへのアクセスを許可していることになるでしょうか。

S3バケットポリシーでも全IAMユーザー (IAMポリシーで許可されている) にアクセスが許可されるという意味になります。
なので、IAMポリシーで明示的な許可を入れずにバケットへアクセスできるようにするには以下のブログにあるようにIAMユーザーのARNを指定する必要があります。
ちなみにこの方法は同じAWSアカウント内のIAMユーザーでのみ使用できます。
違うAWSアカウントの場合はS3バケットポリシーとIAMユーザーで明示的に許可が必要です。
https://dev.classmethod.jp/articles/summarize-principal-settings-in-s3-bucket-policy/#toc-s33

KMSキーポリシーであっても"Principal"でIAMユーザーのARNを許可していれば以下のようにアクセスができます。

aws kms describe-key --key-id arn:aws:kms:ap-northeast-1:123456789012:key/11111111-1111-1111-1111-111111111111
{
    "KeyMetadata": {
        "AWSAccountId": "123456789012",
        "KeyId": "11111111-1111-1111-1111-111111111111",
        "Arn": "arn:aws:kms:ap-northeast-1:123456789012:key/11111111-1111-1111-1111-111111111111",
        "CreationDate": "2024-06-10T13:29:58.531000+00:00",
        "Enabled": true,
        "Description": "",
        "KeyUsage": "ENCRYPT_DECRYPT",
        "KeyState": "Enabled",
        "Origin": "AWS_KMS",
        "KeyManager": "CUSTOMER",
        "CustomerMasterKeySpec": "SYMMETRIC_DEFAULT",
        "KeySpec": "SYMMETRIC_DEFAULT",
        "EncryptionAlgorithms": [
            "SYMMETRIC_DEFAULT"
        ],
        "MultiRegion": false
    }
}