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以下のドキュメントの説明を読む限りだとAWS側がパッチの適用されたAMIを作成するが、そのAMIを使用するかはユーザー側で判断が必要 (ユーザー側がデプロイする必要がある) みたいです。
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/eks/latest/userguide/managed-node-groups.html
Amazon EKS は、マネージド型ノードグループで CVE およびセキュリティパッチの責任共有モデルに従います。マネージド型ノードが Amazon EKS 最適化 AMI を実行する場合、バグや問題が報告されると、Amazon EKS が AMI のパッチ適用バージョンの構築を担当します。修正を公開できます。ただし、これらのパッチが適用された AMI バージョンのマネージド型ノードグループへのデプロイはユーザーが担当します。マネージド型ノードでカスタム AMI を実行する場合、バグや問題が報告され、AMI をデプロイする場合は、ユーザーがパッチ適用バージョンの構築を担当します。詳細については、「マネージド型ノードグループの更新」を参照してください。
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