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ゾンビプロセスになっているものをカウント、CloudWatchメトリクスへ登録するようなシェルスクリプトなどを作成して、cronで定期実行すれば可能だと思います。
例えばですが以下のようなシェルスクリプトで可能だと思います。
以下のシェルスクリプトではpsコマンドのステータスがZになっているものを取ってきてwcで行数をカウントしています。
その結果をCloudWatchメトリクスに登録するようなスクリプトです。
#!/bin/bash
count=`ps aux | grep 'Z' | grep -v 'grep' | grep -v 'USER' | wc -l`
aws cloudwatch put-metric-data --namespace "名前空間" --metric-name "メトリクス名" --value $count --region "使用しているリージョン"
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