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以下のドキュメントを読む限りだと、コンソールからの復元の場合はリーダーインスタンスを作成せずにライターのみクラスターに復元するように見受けられます。
私のコンソールでもマルチAZ配置のオプションはグレーアウトになっていましたので復元時に設定することはできないと思います。(クラスター復元後にリーダーインスタンスを追加する必要があります)
AWS CLIから復元するとrestore-db-cluster-from-snapshotコマンドとcreate-db-instanceの2段階が必要で、コンソールでは裏でこの2つのAPIを実行しています。
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AmazonRDS/latest/AuroraUserGuide/aurora-restore-snapshot.html
コンソールを使用して DB クラスターを復元する場合、Amazon RDS は自動的に使用する DB クラスターのプライマリ DB インスタンス (ライター) を作成します。AWS CLI を使用して DB クラスターを復元する場合、使用する DB クラスターのプライマリインスタンスを明示的に作成する必要があります。プライマリインスタンスは、DB クラスターで作成される初期の DB インスタンスです。プライマリ DB インスタンスを作成しない場合、DB クラスターエンドポイントは creating ステータスのままです。
プライマリインスタンス (ライター) が使用可能状態でないとリーダーインスタンスが追加できないので、それが関係してスナップショット復元時にマルチAZ配置のオプションがグレーアウトになっているのではないかと思いました。
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AmazonRDS/latest/AuroraUserGuide/aurora-replicas-adding.html
クラスターとプライマリインスタンスの両方が [使用可能] 状態であることを確認します。DB クラスターまたはプライマリインスタンスが [作成中] などの移行状態にある場合、レプリカを追加することはできません。
クラスターにプライマリインスタンスがない場合は、create-db-instance AWS CLI コマンドを使用してプライマリインスタンスを作成します。この状況は、CLI を使用して DB クラスタースナップショットを復元し、AWS Management Console でクラスターを表示した場合に発生する可能性があります。
ちなみにre:Post Agentの回答している項目3のマルチAZについてはAuroraのストレージ部分について回答していると思われます。
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AmazonRDS/latest/AuroraUserGuide/Concepts.AuroraHighAvailability.html
Aurora は、単一の AWS リージョン 内の複数のアベイラビリティーゾーンにまたがる DB クラスターにデータのコピーを保存します。Aurora は、DB クラスターのインスタンスが複数のアベイラビリティーゾーンにまたがっているかどうかにかかわらず、これらのコピーを作成します。Aurora の詳細については、「Amazon Aurora DB クラスターの管理」を参照してください。
Auroraのスナップショットを復元する際に、ライターインスタンスが自動的に復元されなかった原因として、以下の点が考えられます:
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スナップショットの復元操作は、デフォルトでDBクラスターのみを復元します。DBインスタンスは別途作成する必要があります。
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復元プロセスでは、まずクラスター自体が作成され、その後プライマリ(ライター)インスタンスが自動的に作成されます。リーダーインスタンスは手動で追加する必要があります。
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マルチAZオプションがグレーアウトされている点については、Auroraクラスターの特性によるものです。Auroraは設計上、常にマルチAZ構成となっているため、このオプションを明示的に選択する必要がありません。
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リーダーインスタンスが復元されたのは、おそらく復元プロセス中に明示的にリーダーインスタンスの作成を選択したか、または自動スケーリングの設定が有効になっていた可能性があります。
復元後にライターインスタンスを作成するには、RDSコンソールからクラスターを選択し、「アクション」メニューから「インスタンスの追加」を選択して、新しいプライマリインスタンスを作成する必要があります。
将来的なスナップショットの復元作業では、クラスターとインスタンスの両方が必要であることを念頭に置き、復元プロセス中に適切なインスタンス設定を行うことをお勧めします。
Sources
RestoreDBClusterFromSnapshot - Amazon Relational Database Service
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