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SSHのログを見ないと何とも言えないのですが、EC2のauthorized_keysのパーミッションが変わってしまったりすると接続が拒否されたりします。
なのでElastic IPなどはあまり関係ないように思いました。
ちなみに接続ができなくなる前にどのような操作を行っていましたか?(例えば特定のディレクトリにファイルを配置していたなど)
次に同じ事象が発生した際にSystems ManagerのSession ManagerなどでEC2に接続してSSHのログを確認してみてください。
何か原因がわかるかもしれません。
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/systems-manager/latest/userguide/session-manager.html