AWS AthenaはUTF-16に対応していますか？

こちらAthenaに読み込ませる前に、Glueを使ってCSVデータから対象のテーブルを作成しておりますでしょうか。

Glueを利用していた場合は、以下の記事に、「特に文字コードの規定があるわけではありませんが、PySparkをベースにしているため、ジョブ処理時には文字列がUTF-8である事を想定しています。」と記載があります。

https://aws.typepad.com/sajp/2017/12/aws-black-belt-onine-seminar-aws-glue.html

ご参考にしてください。