Cloudfrontに異なるアカウントのAPIGatewayを設定できますか

はい、CloudFrontに異なる AWS アカウントの API Gateway を設定することは可能です。

CloudFront で API Gateway を設定する場合は、カスタムオリジンでの設定となります。

・Amazon EC2 (または別のカスタムオリジン) を使用する https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/AmazonCloudFront/latest/DeveloperGuide/DownloadDistS3AndCustomOrigins.html#concept_CustomOrigin

そのため、パブリックに解決可能な DNS 名を持っている場合、異なるアカウントの API Gateway であってもアクセスが可能となります。

具体的には、CloudFrontディストリビューションの設定にて、Account B の API Gateway の URL をオリジンとして指定することで、Account A の CloudFront ディストリビューションを通じて、Account B の API Gateway にアクセスすることが可能になります。 ただし、セキュリティとアクセス制御に十分注意を払い、適切な権限設定を行うことが重要です。